Il Comune di Ischia di Castro dispone di tre siti di rilevanza comuntaria (SIC): la Selva del Lamone, il Sistema Fluviale Fiora-Olpeta e Vallerosa.

La Selva del Lamone risiede al centro della Maremma laziale al confine con la Toscana e di estende per 3.066 ettati. Elemento fondamentale per la salvagurdia di quest area è la varietà di specie animali presenti. IL cervone, la testuggine comune, l ululone dal ventre giallo e il tritone crestato; meno comune ma comunque presente il lupo. La Selva del Lamone presenta, inoltre, un insieme piuttosto ricco di pinate d alto fusto come il faggio, il cerro e il leccio, e di sottobosco, costituito da bucaneve ed ellebori in inverno, da zafferano comune, primule ed orchidee in primavera. Nelle aree maggiomente umide si trova una tipologia di felce, la ofioglosso comune, molto rara, identificata per la prima volta nel Lazio.

Il Sistema Fluviale Fiora-Olpeta, con una superficie di 1.040 ettari, costituisce un passaggio ecologico fondamentale, dal momento che consente la "migrazione" di specie acquatiche dal centro Italia verso la costa tirrenica. Tra le altre specie animali risulta di estremo interesse l esistenza dell unica familia di lontra dell Italia centrale oltre al lupo, al barvo, al vairone, alla testuggine palustre, al gambero di fiume ed un ampia chirotterofauna. Anche la vegetazione risulta molto varia grazie alla presenza di foreste a galleria con salici e pioppi e specie floreali molto come il giaggiolo selvatico, elencato tra i vulnerabili nel Libro rosso degli animali d Italia.

Vallerosa, radura a bosco con terreno di natura calcarea, si estende su 13,9 ettari e presenta prati aridi ricchi di graminacee, oltre a roverella, carpino e  orniello, con diversi tipi di orchidee spontanee.

Nel territorio del Comune si trova poi la Macchia dei Buoi con pascoli e boschi di alto fusto e i Monti Romani con estensione di 3.000 ha con estesi boschi di querce, olmi e macchia mediterranea